本周三,美国艾伦免疫研究所发布了一个新的互动平台,展示人类免疫系统人类免疫系统探索者.
该浏览器与谷歌合作建立,是研究人员和公众寻找分析工具、资源和数据的中心场所。yb体育正式官网首页该平台增加了整个艾伦研究所不断增长的类似资源工具包,例如yb体育正式官网首页艾伦细胞探测器和艾伦脑图.
这也是艾伦研究所第一次利用谷歌的云产品(如Vertex AI)来构建这样一个平台。谷歌的团队每周与研究所的研究人员会面。“他们一直致力于与艾伦研究所的人合作,”他说保罗·梅耶尔他是免疫学研究所软件开发、数据库和管道主任。
随着平台的成熟,Meijer预计它将被全世界的免疫学研究人员广泛使用,他们将把他们的数据添加到平台上。它将跟踪健康人以及COVID-19和癌症患者的不同细胞类型、分子和免疫的其他方面。以下是该平台目前的一些功能:
- 描述如何在同一个人身上长期收集分子和临床数据的规程。
- 一个数据可视化应用叫做TEA-seq它可以同时从单个免疫细胞中获取三种类型的数据:细胞表面的蛋白质,细胞内的rna,以及表明哪些基因是活跃的“表观遗传”信息。
- 交互式数据可视化工具展示了样本处理的延迟如何影响免疫细胞。
- 一种可视化不同时间点的多种类型的患者数据的方法,称为PALMO(纵向多组学数据分析平台)。
该平台的最终目标是帮助简化人类免疫系统研究中收集的大量数据的编目、可视化和分析。该研究所旨在促进开放、合作和多学科科学。
例如,艾伦研究所的研究人员参与了一项研究,检查长冠状病毒患者的免疫系统。科学家们正在对首次感染期间和感染后数周内患者免疫细胞表面的蛋白质进行编目。他们最近发现了与长冠相关的蛋白质组,这表明一些受影响的人有高度的炎症。该数据最近在一个预印本研究并将很快进入新的平台。
在一条微博,谷歌云CEOThomas Kurian他说,他的团队在艾伦研究所的工作启发了他。他说:“过去几年,人们开始关注合作诊断和治疗疾病的重要性。”
梅杰说,一个由实验室科学家和10名软件开发人员组成的多学科团队用了大约三年的时间构建了这个新平台。“团队科学和团队发展努力一直是我们在艾伦免疫研究所拥有的真正力量,”他说。
研究人员还致力于增加平台上代表的人类受试者的多样性。最终,用户可能能够根据人们原有的条件、社会条件或其他因素来过滤数据集。