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PATH COVID-19诊断平台的主要贡献者,从左至右:诊断科学项目官员Lorraine Lillis;诊断学副主任Neha Agarwal和诊断学项目协调员Olivia Halas。(路径照片)

尽管所有人都在关注COVID-19疫苗,但更危险的病毒变体正变得越来越占主导地位。

华盛顿州B.1.1.7,以及在加州首次发现的两种密切相关的变种,已经迅速超过了其他菌株。虽然加州对每种变种的相对比例只有粗略估计,但英国和加州的变种各占感染病例的三分之一左右。剩下的三分之一是原始病毒和其他变种病毒。其他州也是如此看到类似的趋势

随着数字的增长,全球健康非营利组织的一项努力路径有助于确保最令人担忧的变异无法逃避检测。

这家总部位于西雅图的组织最近发布了一个工具它收集了关于COVID检测识别感染能力的信息,无论一个人感染了哪种菌株。PATH研究人员手动收集了来自数十家制造商的数百项测试数据,使人们更容易评估可用的诊断工具。对于大多数测试,关于它们如何对变体执行的信息非常有限。

PATH的仪表板显示了变体对COVID-19分子检测的影响。

侧重于变量的数据库是更广泛的COVID诊断平台由PATH开发,得到了数据可视化公司Tableau的支持。它包括测试性能的信息,它是在哪里制作和批准使用的,以及它是否在商业上可用。

适宜卫生技术组织是一个致力于全球卫生公平问题的组织,它开发了这个平台,主要供政府和政策制定者使用,特别是供低收入国家的政府和政策制定者使用。

虽然美国的大部分注意力都集中在美国的感染率和疫苗接种率上,但卫生专家提醒人们COVID是一个全球关注的问题.最初的病毒和许多最具问题的变种出现在美国境外。其他国家能够跟踪和预防疾病至关重要,这不仅是为了本国居民的健康,也是为了全球疫情的控制。

“COVID不会消失。高度怀疑这将成为一种类似于流感的地方性病毒。洛林Lillis他是PATH负责诊断的科学项目官员。“所以我们需要诊断来持续监测、诊断,看看它在做什么。”

华盛顿州卫生部正在对COVID-19病例进行测序,以追踪令人不安的变异的主导地位。这包括B.1.1.7(英国变种)和来自加利福尼亚的两个变异相似的变种:B.1.427和B.1.429。被测序的样本并不是为了精确地捕获状态中各种变体的混合。(DOH图片,点击放大)

PATH的研究人员希望他们的工作将有助于突出较小的、不太知名的诊断制造商,为市场带来多样性,并将鼓励测试制造商分享他们针对变体的性能数据。

有两种方法COVID检测快速抗原测试,类似于怀孕测试,寻找病毒碎片;利用聚合酶链式反应(PCR)进行分子检测,即使是少量的病毒遗传物质。

到3月底,美国食品和药物管理局已确定四种分子测试,其“性能可能受到影响”,在一些关注的变异中发现的突变。这些测试包含多个目标,以防止这类问题,因此它们仍然可以捕捉到阳性病例。但是现在市面上有这么多的测试,而且还会有更多的测试,很难知道哪种测试效果最好。

适宜卫生技术组织负责诊断的副主任Neha Agarwal说:“关于这个问题有很多困惑。”“我们没有看到任何类型的数据聚合器被建立起来,所以我们只是觉得有必要填补这个空白。”

除了诊断测试外,研究人员还提取了一组COVID阳性样本,并对病毒的整个遗传密码进行测序,这就是他们如何识别存在哪种变体并识别新的突变。

华盛顿州在排序和审查方面处于领先地位占COVID阳性样本的11%3月。虽然选择用于测序的样本并不能完美地代表状态中变体的混合,但仍然很容易看出变体正在随着时间的推移而扩大。例如,在2月初至中旬抽样的病例中,B.1.1.7变异只出现在3.5%的病例中。截至3月底,该病毒在测序感染病例中占35.5%。

与原始的COVID病毒相比,B.1.1.7的传染性大约提高了50%,并可能导致更严重的感染。早期研究表明,疫苗仍然可以很好地对抗这种疾病。

“到目前为止,测试解决了变异问题,[但]这仍然是你必须警惕的事情,”Lillis说。“这些病毒很容易变异。无论何时开发一种测试,你都希望能够检测到尽可能多的变体。”

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