艾伦脑科学研究所(Allen Institute for Brain Science)绘制的老鼠大脑3d图集终于迎来了第三次成功。
第三版地图集，被称为Allen鼠脑通用坐标框架CCFv3是一篇研究论文的主题今天发表在《细胞》杂志上。它建立在聚焦于老鼠皮层的部分脑图该片于2016年上映。
以前版本的地图集是用低分辨率的3d地图渲染的。最新的高分辨率地图足以精确定位单个脑细胞的位置，这对于解释包含数千或数百万条信息的数据集至关重要。
“在过去，人们会通过眼睛来定义大脑的不同区域。随着我们获得越来越多的数据，这种手工管理不再适用。”丽迪雅Ng他是西雅图艾伦脑科学研究所的高级技术总监，在新闻发布会上解释了。“就像我们有一个参考基因组序列一样，你需要一个参考解剖结构。”
为了制作高分辨率地图集，艾伦研究所的团队从1675只老鼠的大脑扫描中创建了一个“平均”模板，并将该模板分割成微小的虚拟3d块，称为体素。
然后，研究小组将这些体素分配到小鼠大脑中数百个已知的不同区域，并在不同的区域之间划出仔细的边界。
这段视频从前到后浏览了普通老鼠的大脑。为了绘制大脑皮层的真实三维几何图形，研究人员使用了一个数学方程来寻找通往大脑表面的最短弯曲路径。其中一些路径在模型中显示为彩色的“流线”。
自2017年底以来，神经科学家就可以公开使用全脑图谱，它已经为一些研究人员提供了新的见解。
例如,最近的一项研究当老鼠在实验室测试中看到的图像中进行选择时，观察脑细胞的活动。进行这项研究的研究人员使用了一种被称为神经像素(Neuropixels)的电探针系统，同时记录了大脑几个不同区域的数百个神经元的活动。
在分析他们收集的数据时，研究人员意识到这种活动延伸到比他们预期的更多的大脑区域。CCFv3帮助他们了解大局。
“该地图集是一个非常必要的资源，它使在全脑水平上进行研究的想法成为可能，”他说尼克·斯坦梅茨他是华盛顿大学的助理教授，也隶属于艾伦研究所。“当你从大脑的数百个位点进行记录时，这就引入了一种新的调查规模。你必须对所有录音地点的位置有更大的了解，CCF使这成为可能。”
未来版本的地图集几乎肯定会依赖人工智能工具和自动化，而不是像CCFv3那样费力的过程。
“正如我们现在所知道的，地图集应该是不断进化和活的资源，因为随着我们对大脑如何组织的了解更多，我们将需要进行更yb体育正式官网首页新，”他说朱莉·哈里斯他是该研究所神经解剖学副主任。“以一种自动、公正的方式构建地图集可能是该领域的发展方向。”
吴恩达和哈里斯是《细胞》杂志发表的这份报告的资深作者，“艾伦老鼠大脑通用坐标框架:3D参考图集。”其他作者包括王全新、丁松林、李杨、Josh Royall、David Feng、Phil Lesnar、Nile Graddis、Maitham Naeemi、Benjamin Facer、Anh Ho、Tim Dolbeare、Brandon Blanchard、Nick Dee、Wayne Wakeman、Karla Hirokawa、Aaron Szafer、Susan Sunkin、Seung Wook Oh、Amy Bernard、John W. Phillips、Michael Hawrylycz、Christof Koch和曾洪奎。艾伦脑科学研究所是由已故微软联合创始人保罗·艾伦创立的艾伦研究所的一个部门。
